Enligt tidningen – som hänvisar till med hänvisning till dokument och källor – har utredare kontaktat passagerare och besättningen.
Utredningen ska bland annat ge svar på om Boeing uppfyllt överenskommelserna från en tidigare förlikning efter två flygkrascher, 2018 och 2019.
Alaska Airlines uppger att bolaget "samarbetar fullt ut" med utredarna.
"Vid en händelse som den här, är det normalt att justitiedepartementet genomför en utredning", uppger flygbolaget bland annat i ett förberett uttalande.
Det var den 5 januari som en dörrplugg lossnade under en av Alaska Airlines flygningar med ett plan av modellen Boeing 737 Max 9. Ett större hål uppstod i flygplanets sida, vilket tvingade fram en nödlandning i Portland i delstaten Oregon.
I början av februari slog USA:s flygsäkerhetsmyndighet NTSB fast att bultar saknades när flygplanet lyfte. Ingen människa skadades i samband med händelsen.
Boeings aktie har sedan årsskiftet rasat 23,9 procent på New York-börsen.