Den spanska konkurrensmyndigheten CNMC inledde 2022 en utredning huruvida bolaget bryter mot konkurrensregler.
Enligt Booking kan företaget nu behöva böta 5,4 miljarder kronor, vilket skulle vara det största bötesbeloppet som CNMC någonsin krävt.
Bolaget säger i ett uttalande att man är "besvikna" över CNMC:s slutsatser och "kraftigt motsätter sig" dessa.
"Vi planerar att överklaga detta exempellösa beslut om det skulle bli verklighet".
Bokningsjätten, som har sitt säte i Nederländerna, dominerar onlinemarknaden för hotellbokningar och är ett dotterbolag till amerikanska Booking holdings group. Nu är oron att det på den europeiska marknaden kommer att krävas anpassning till både nationella lagar och EU:s övergripande nya DMA-regler, som syftar till att öka konkurrensen genom bland annat hot om dryga böter för regelbrott.
Booking säger i sitt uttalande att DMA är "det rätta forumet" för att diskutera de frågor som den spanska konkurrensmyndigheten lyft eftersom detta "inenbär en möjlighet att att enas kring lösningar som kan appliceras i hela Europa" i stället för att varje enskilt land har särskilda lagar på området.