Kranarna i fråga har tillverkats av det statskontrollerade kinesiska företaget ZPMC, som har levererat nästan 80 procent av alla kranar som används i amerikanska hamnar.
Fynden har fått flera amerikanska myndigheter att oroa sig för hotet om cyberangrepp och spionage riktat mot USA.
USA har uppenbarligen missat detta hot under alldeles för lång tid, säger Mark Green, ordförande i den amerikanska kongressens utskott för inrikes säkerhet.
Den utrustning som har påträffats rör sig om över ett dussin modem för telekommunikation i en hamn i USA. Ytterligare ett modem påträffades i en serverhall i en hamn, enligt tidningens källor.
Modem kan ha en funktion på kranar, för att möjliggöra fjärrstyrning och som en del av underhållsplaneringen. Men av utredningen framgår att flera av de berörda hamnarna inte har bett om att få modem installerade, enligt dokument från utredarna som The Wall Street Journal har tagit del av.
I februari meddelade Bidenregeringen att man kommer att investera över 20 miljarder dollar under fem års tid för att ersätta utländskt tillverkade kranar med kranar från USA.